該圖是美國最有影響的醫療衛生信息化組織HIMSS的智庫HIMSS Analytics公司給出的一個EMR體系架構示意圖。圖中電子病歷系統的基本構件包括居于核心的臨床文檔存儲庫CDR（Clinical Data Repository），包圍著CDR的是可控醫學術語服務CMV(Control Medical Vocabulary), 再外層是工作流（Workflow）與臨床決策支持系統CDSS(Clinical Decision Support System)，第四層是醫生工作站、藥品服務與文獻服務，最外層是病人主索引EMPI，Web門戶和通用的接口引擎（Interface Engine）。
從上圖我們可以看到的幾個特點：
1.電子病歷系統的主要構件與常講的醫院管理信息系統（圖中右上方的綠色方框部分，包括病人管理Pat. Assess、費用與編碼Billing/Coding、人力資源HR、掛號與預約Scheduling、企業資源規劃ERP、資產管理Resource Management）和臨床信息系統（圖中左上方橙色方框部分，包括實驗室系統Laboratory、 放射管理Radiology、影像系統PACS、處方系統Transcription、臨床科室系統Department System、 文檔影像管理Doc. Imaging）是相對獨立的。
2.臨床文檔存儲庫居于電子病歷系統架構的核心。
3.管理系統和臨床系統是通過接口引擎與EMR實現信息的相互傳遞的。
4.EMR直接支持醫院外部（包括區域衛生信息網絡（NHIN）和電子健康檔案）的信息共享需求。
CDR是醫院為支持臨床診療和全部醫、教、研活動而以病人為中心重新構建的新的一層數據存儲結構。它應該是物理存在的，而不僅僅是概念存在或者是邏輯存在。它是醫院電子病歷系統的核心構件。它是否存在可以作為醫院是否擁有真正電子病歷系統的標志。它與直接支持醫療操作的前臺業務數據庫（Transaction Database）不同，其數據來自這些業務系統，但與前臺業務流程無關。它也不是通常意義上的數據倉庫，因為它的內容是隨著醫院業務活動動態變化的，并且直接支持醫生/護士對病人臨床記錄的實時應用。
CDR的重要性是無可置疑的。但對于它是否應該是一個物理存在的數據結構卻有不同的看法。部分人認為僅僅是靠集成技術，邏輯上構造一個以病人為中心的電子病歷視圖，就可以提供全部電子病歷的功能。我們下面分析一下CDR物理存在的必要性、優點與問題。
（一）架構分層的優點
1.與復雜的業務處理流程分割 病人的臨床信息來自醫院現已存在的多種多樣的應用系統。一般說來，它們是面向應用過程設計的，是由不同供應商提供的，具有不同的信息模型和軟硬件平臺，其功能必須滿足管理與臨床應用不同的過程要求。像這樣的系統，一個大型的醫院，國內有幾十個，國外有上百個并不少見。例如一個實驗室系統，從醫生開出醫囑，到條碼打印和取得樣本，樣本傳送與接受，上化驗設備，化驗過程的雙向控制，化驗結果的自動獲取，報告的產出與確認，報告的發出與接受確實是十分復雜的。
應用系統的數據結構設計必須滿足這些要求，數據庫內的化驗結果表達必然是復雜多變的。而電子病歷僅僅關心化驗報告的最終結果。因此，如果CDR僅僅保存從檢驗系統傳遞來的化驗結果，那么電子病歷系統就可以和復雜的業務處理流程相分割。如果電子病歷系統中的化驗結果要從檢驗系統中直接獲取，就不得不關注上述的所有細節。
2.透明、一致化的數據模型 CDR的獨立存在使得一個統一的、透明的、一致化的電子病歷信息模型的設計與實現成為可能。這樣一個模型的存在對所有應用系統的開發商、對系統集成、對醫生護士對病人信息的進一步應用都十分重要。
3.應用系統升級容易 由于電子病歷系統和復雜的業務處理流程相分割，使得以后各應用系統（POS）的升級換代變得簡單易行。而這種變化隨著業務流程的變化和信息化水平的提高，是經常發生的，也是醫院信息化發展進程中最讓人頭痛的問題。
4.對醫生/護士更友善，效率更高 醫生/護士使用物理上保存的以病人為中心的電子病歷記錄比起使用分散在不同應用系統中的病人記錄來更得心應手、更符合他們的思維習慣，應答速度會更快。特別是簡單、統一、透明的信息模型的存在使得他們有可能根據自己臨床工作的需要從CDR中剪裁出自己的病人臨床記錄子集。
5.有利于電子病歷深層次應用的開發推廣 電子病歷的存在不僅僅是要滿足臨床信息查詢的需要，更重要的是要滿足臨床決策、教學、科研的深層次的要求，例如警告與提示系統、臨床路徑控制、循證醫學支持等等。這些應用的開發，當面對一個數據相對穩定、信息模型簡單清晰、與操作過程無關的存儲庫時，要簡單得多。特別的，當服務點應用系統(POS, Point of Service)發生變化時，也不會影響這些深層次的應用。
6.與RHIN/HEHR互通互聯更容易 現在實現醫院內部電子病歷應用的同時還必須考慮如何與院外用戶，這包括其他醫院、社區、衛生主管機構以及病人本人的互通互聯，互操作。物理上獨立存在的CDR使得這些復雜需求的實現變得相對簡單。
（二）架構分層的問題
電子病歷數據存儲架構的分層不會是一個十全十美的解決方案，它也會帶來一些新的問題：
1.數據一致性保證 如何保證已經由各POS提交給CDR的文檔，在POS端發生變化時，保證CDR中的記錄與POS中的數據一致性的問題，在系統設計與實現時必須慎重對待。
2.需要更大的存儲空間 因為是物理存在的另外一層架構，CDR會帶來信息的冗余，導致數據存儲空間需求的成倍增長。也許，個別類型數據，例如病人影像數據仍然保持分散保存在應用系統中是一個可接受的折中方案。相信隨著信息存儲介質價格的迅速下降，存儲空間問題的解決不會成為醫院不可克服的障礙。
3.如何跨越實時業務處理與病人連續電子病歷（Longitudinal EMR）應用的縫隙 有些應用，典型的是醫生工作站的應用，會同時實時業務處理與涉及病人連續電子病歷（Longitudinal EMR）應用這兩個領域。這就意味著如果采用CDR體系架購，此類應用信息系統的開發必須面對分層了的數據架構進行。換句話說，如果CPOE系統是在CDR架構實施之前就存在的，在CDR架構實施過程中就必須對CPOE應用實施改造或者替換。因此，有人強調CDR的實現應該是一個過程，病人臨床信息的分布，哪些集中（CDR），哪些分散（POS），要精心設計，反對一刀切，讓其平穩過渡，保證不對現有系統產生顛覆性的影響。
